Если быть точнее, то это не замена - а модификация над командной строкой Windows (и не только).

С помощью ConEmu Ваша CMD не только будет выглядеть прилично, но также Вы получите возможность запускать сразу несколько командных строк и переключаться между ними при помощи вкладок.

Само собой, в ConEmu есть и тонна других возможностей - но обычно её ставят именно по этим двум причинам.