Интерфейс программы основан на стандартном окне с интуитивно понятной компоновкой. После развертывания вы можете указать место назначения для тома Cryptainer, тома, выделенного размера, пароля и метода алгоритма. Кроме того, вы можете отформатировать том самостоятельно.

С этого момента вы можете копировать или перемещать файлы в зашифрованный том традиционным методом, например, с помощью проводника.

Можно создавать дополнительные тома Cryptainer, просматривать имя файла основного тома, устанавливать предпочтительную букву диска для загруженного тома, перечислять все диски Cryptainer, а также шифровать файлы для отправки по электронной почте или расшифровывать их.